По словам священника, утром в день своего убийства игумен Даниил распорядился начинать службы, отдал монахам ключи, а сам задержался в келье. Вероятно, когда он собирался выходить, на него напал убийца и ударил ножом, однако рана оказалась не смертельной, поскольку священник успел добежать до окна и позвать на помощь. Но тут его настиг второй удар.
