Тело Андрея нашли в его квартире на юге Москвы 7 марта, похороны состоялись 12 марта в здании МХТ им. А.П. Чехова, на сцене которого актер играл долгие годы. Многочисленные следы борьбы на теле умершего стали причиной возбуждения дела по части 4 статьи 111 УК РФ — причинение тяжкого вреда здоровью, повлекшее по неосторожности смерть потерпевшего. Однако, по сообщениям вдовы актера, в начале 2015 года расследование было закрыто «за отсутствием состава преступления». Тем не менее, друзья заслуженного артиста РФ до сих пор считают, что это было убийство. И при жизни Панина, и после его смерти, как коллеги по цеху, так и простые зрители восхищались его талантом — пластичностью, работой в кадре. Его персонажи всегда врезались в память, и даже самые небольшие роли Панина украшали собой фильм.
Карен Шахназаров говорил об Андрее Панине в 2005 году:
В 2014 году был открыт Мемориальный музей актера в Кемерово, который сам Панин считал своей малой Родиной. Мало кому было известно, что в свободное время актер любил рисовать. После смерти его картины были собраны и представлены на фестивале современного искусства DOCA-2015. Подробнее о жизни и ролях замечательного российского актера, ушедшего так рано, вы можете прочитать в его биографии на сайте УзнайВсе.рф.В нем есть харизма, есть личность, есть внутренний конфликт. И потому его роли всегда притягивают. Даже те, в которых он вроде как повторяется. Он великолепен как в характерных ролях, так и в драматических. Причём в драматических всегда присутствует элемент острой характерности, а в характерных — внутренний смысл. Подтекст, содержание. Именно это сочетание, очень редкое, — его визитная карточка