История с передачей одной из главных достопримечательностей города религиозной организации началась летом 2015 года. Тогда к губернатору обратились представители петербургской епархии, сославшись на ФЗ от 2010 года о передаче религиозных объектов церкви. Однако в сентябре того же года Георгий Полтавченко подтвердил, что храм останется под юрисдикцией Петербурга.
В конце декабря 2016 года источники, близкие к Смольному, донесли до сведения СМИ, что вопрос о передаче Исаакия РПЦ был решен положительно после личной встречи Полтавченко с патриархом Кириллом во время губернаторского приёма. Позже губернатор подтвердил серьезность намерений.
Редакция uznayvse.ru хочет добавить, что в данный момент в Исаакиевском соборе проводятся богослужения, и руководство музея не совершает никаких препятствий для их отправлений.