Самые старые известные международные юридические обязательства для кораблей и судов — поднимать знамена в качестве средства обозначения — были согласованы королем Эдуардом I Английским и графом Гвидо I Фландрским в 1297 году. Они недвусмысленно заставили торговые суда «нести на своих морских знаменах гербы своих портов, таким образом, удостоверяя их принадлежность указанным портам». С начала XIII столетия Англия заявила о своем суверенитете на морях и потребовала, чтобы все корабли и суда, принадлежавшие другим странам, салютовали английским
кораблям приспусканием своих флагов, а позже — сворачиванием флага. Капитаны, которые отказывались это делать, рассматривались как враги, а их суда и груз отбирались силой. Суда многих стран подчинились, так как
Англия настаивала только на приветствии и не накладывала никаких пошлин на корабли, проходящие через Ла-Манш. Эта практика вышла из употребления в 1805 году, но традиция приветствовать корабль другой страны сохранилась и до сегодняшнего дня. Торговые корабли приветствуют друг друга приспусканием флага в качестве акта вежливости; военные корабли обычно не приспускают флаги, приветствуя друг друга, но, если торговый корабль приспускает свой флаг, военные моряки отвечают тем же. Долгое время государственные морские флаги основных морских государств служили своего рода паспортами для торговых судов, идущих в Османскую империю и ее владения, в Китай и Индию. По договору между королем Генрихом IV Французским и османским султаном Ахмедом с 1604 по 1675 год суда всех государств могли посетить турецкие порты и торговать там только «по разрешению и под защитой флага Франции». Ситуация изменилась в 1675 году, когда договор Британии и Турции о
капитуляции последней отводил право свободной торговли в Турции для «английского государства и английских купцов и всех других стран и купцов, кто находится или будет находиться под флагом и защитой Англии». Похожие условия, относящиеся к защите судов и граждан и праву свободной торговли, были включены в договоры между Францией и османскими владениями в Северной Африке: Марокко (1682 год), Триполи (1685 год) и Тунисом (1685 год). Другим примером могут служить мирные договоры Австрии с Марокко и Османской империей (1783—1785 годы). Одной из целей этих и последующих договоров была защита коммерческих судов от пиратов. Наравне с государственным на кораблях традиционно используется и много других флагов. Самым старым является гюйс, который развевается на баке при стоянке корабля. В настоящее время частные суда поднимают гражданский морской флаг на корме и флаг компании на фок-мачте. На парусниках гражданские морские флаги часто прикреплены к фалу на бизань-мачте. Яхты поднимают гражданские морские флаги на корме и клубный треугольный флажок или личный флаг хозяина судна на мачте. На военных кораблях развеваются военно-морские флаги на корме и гюйс на баке (на стоянке); на грот-мачте поднимаются вымпел и должностной флаг или вымпел командира корабля или должностного лица, находящегося на судне. В том случае, если на борту присутствуют высшие должностные лица государства, на стеньге грот-мачты поднимается также государственный флаг. Государственный флаг поднимается на стеньге грот-мачты также перед началом боя.
