Сотрудничество с Microsoft Агуэр-и-Аркас начал в 2006 году, когда компания приобрела его фирму Seadragon. В Microsoft он трудился над картографическим сервисом Bing Maps и мобильной версией поисковика Bing.
Чем будет заниматься бывший сотрудник Microsoft в Google, пока неясно. По данным прессы, его труд будет связан с машинным обучением. В своем личном блоге специалист отметил, что решение о переходе было для него очень тяжелым.